Colaborar con instituciones públicas y privadas en el mejoramiento de la salud a través de la aplicación de modelos de atención enmarcados en la estrategia de la APS con enfoque de Epidemiología Comunitaria (E.C.) en la provincia de Esmeraldas en el país e internacionalmente.
El CECOMET pretende ser un centro de estudio, investigación/intervención y formación en medicina tropical, epidemiología comunitaria, enfocado hacia la necesidad de reforzar en la comunidad la capacidad de analizar y afrontar eficazmente los problemas de salud prioritarios, de monitorear su evolución en el tiempo y de evaluar el impacto de las estrategias de intervención.